結(jié)婚16年生了三個孩子結(jié)果發(fā)現(xiàn)不是親生的，當(dāng)事人已經(jīng)離婚這種情況的處理方式如下：

* 確定雙方是否有生育孩子的能力，如果雙方能夠確認(rèn)沒有生育能力，那么最簡單直接的方法就是找到孩子的親生父母，通過親子鑒定確認(rèn)關(guān)系。

* 如果雙方還有生育能力，需要反思究竟是誰的問題，是否是有人出軌或者做了什么對不起對方的事情，如果查清事實，還想繼續(xù)維持婚姻關(guān)系，雙方應(yīng)該坐下來好好溝通，同時也要給孩子一個說法。

* 如果無法維持婚姻關(guān)系，雙方可以通過協(xié)商或者通過法律途徑來解決孩子的撫養(yǎng)權(quán)問題。

以上建議僅供參考，如果情況復(fù)雜，可以咨詢法律專業(yè)人士，獲得更具體的建議。